为抓好长江水生生物保护工作，农业农村部坚持以严格渔政执法和加强资源保护为抓手，出台了系列的保护措施，实施了多项保护行动。
一是深化保护工作的顶层设计。农业农村部会同生态环境部、水利部等有关部门印发《重点流域水生生物多样性保护方案》的同时，组织编制长江珍稀水生生物保护工程建设规划，并研究起草了关于加强长江水生生物保护工作的意见，努力为保护长江水生生物提供更有利的政策支撑。
二是加强珍稀物种的保护。发布并实施中华鲟、长江鲟、江豚三个物种的拯救行动计划，连续3年实施长江江豚迁地保护行动，积极推动长江江豚提升等级，加强推进中华鲟陆海陆接力保护中心建设，推动中华鲟保护区晋升国家级，启动实施了长江鲟野生种群的重建和恢复工作。
三是不断完善禁渔期制度。进一步调整长江、珠江禁渔期制度，扩大禁渔范围，延长禁渔时间，并首次对闽江及海南省等内陆水域作出了禁渔的规定。推动自2018年1月1日起率先在长江流域332个水生生物保护区逐步实行全面禁捕，联合四川、贵州两省成功实现了赤水河流域全面禁渔十年试点，推动长江流域重点水域实现合理期限的全面禁捕，加快推进捕捞渔民的退捕转产，努力让长江水生生物得以休养生息。
四是加大渔政执法监管力度。农业农村部还启动实施了“中国渔政亮剑2018”——春季禁渔同步执法行动，分别在长江上、中、下游、珠江、淮河以及鄱阳湖、洞庭湖等七个地方同步开展渔政执法交叉检查和跨区域联合执法。组织开展渔业资源与环境常规监测，编制发布长江流域渔业生态公报，为有关部门和科研单位提供基础数据，严把涉水生生物保护区专题审查关口，从源头防控工程建设的不利影响。
五是探索长江保护的新机制。先后与交通运输部签署共同开展长江大保护的合作框架协议，与三峡集团公司签署修复向家坝库区渔业资源及珍稀特有物种合作框架协议。整合资源，动员社会力量共同加强长江大保护。
