公元639年，李世民命令房玄龄出任太子太师，自从听到这个命令之后，房玄龄就一再拒绝。在当时的朝堂之上，有很多人支持魏王做太子，而行事一向谨慎的房玄龄虽然没有公开自己的立场，但是从种种迹象中都可以看出他也是支持魏王的。后来房玄龄经过了一番推辞之后，房玄龄最后兼任太子太师。房玄龄此时公务确实比较繁忙，如今又是太子太师，可是他并没有和太子李承乾有太多的交流，所以两人关系并不是太好。其实房玄龄内心并不支持李承乾，他的儿子房遗爱支持魏王，所以在很大程度上，房玄龄是支持魏王的。如果房玄龄支持太子李承乾的话，也不会和他交流甚少。
后来又重新立太子，此时太子的人选在李治和李泰二人中间，长孙无忌大力支持李治。其实李泰和李治都是长孙皇后所生的，都有资格立为太子，可是为什么长孙无忌坚持让立李治为太子呢?其实李泰在此之前就一直在准备如何争取皇位，而李治并没有参与其中，这样长孙无忌觉得李治更好控制。其次如果李泰被立为太子，长孙无忌就会被边缘化，根本无法所接近权力的中心。而在这次商量太子人选的过程中，房玄龄也在场，只是没有发表意见，在朝堂之上，他极其小心谨慎。
公元644年冬天，天空飘起了大雪，李世民带着太子李治御驾亲征。这次亲征的目标是高句丽，李世民一行人离开长安，直奔高句丽。这次出征队伍中有很多大将，所以留守在长安的人并不多，其中就有房玄龄。为什么皇帝李世民这么看中房玄龄呢?在李世民的眼中，房玄龄最为可靠，甚至和其他官员说好了，在朝中一切事情都由房玄龄做主。李世民一行人马离开长安之后，房玄龄成为长安城权力最大的指挥官。朝中大小事务都由房玄龄一人做主，众人都听从给他的命令。
作为臣子，房玄龄在李世民面前，事事小心谨慎。有一天，房玄龄正在宫中处理朝中事务，可是就在此时来了一个人。根据禀报，这个人是来揭发谋反的。房玄龄很重视，于是就让此人前来。见到房玄龄之后，这个人说他知道有人要谋反，房玄龄就问到底是哪个人，报上名来。这个人很淡定的说到，谋反的人叫做房玄龄。房玄龄听到这句话之后就知道肯定有人在背后趁着皇帝亲征，诬陷他。可此时房玄龄正在处理朝中的政务，只好派人准备一辆马车，让这个人带着揭发的信件去找李世民。
此时李世民的亲征大军已经走到了洛阳境内，马车很快赶上了大部队。后来声称揭露房玄龄谋反的这个人见到了皇帝。李世民问这个人到底是来干什么的，朝中不是有房玄龄在管理事务吗?当这个人说出房玄龄要谋反的事情之后，李世民连信件都没有看，就一个拿着长刀的武士，把这个人给抓起来，腰斩了。被腰斩的这个人，一再求饶，最后想反悔，可是已经晚了，成为武士的刀下鬼。从这件事中可以看出李世民对于房玄龄是高度信任的，后来杀了这个人之后，还让人送信给房玄龄以后遇到这样的事情自己处置就好了，不要来烦他。
这件事情不但没有破坏房玄龄和李世民的关系，反而让君臣关系更加的稳固了。此时在洛阳的李治以及长孙无忌知道此事之后，觉得在朝堂之上，房玄龄位高权重，如果李治和长孙无忌要想在朝堂之上有一席之地，只有尽快铲除房玄龄。房玄龄对李治构成了极大的威胁，所以长孙无忌和李治商量之后，觉得还要继续状告房玄龄谋反。于是二人把目标锁定在宰相萧瑀身上。在朝堂之上，两人一直有矛盾，这次让萧瑀状告房玄龄，李世民势必会相信。
两年之后，李世民一行人回到长安，就在他回来没多久，萧瑀就向李世民说房玄龄有着谋反的倾向，还给出了很多的理由。这次李世民面对这么多的理由，也没有什么触动，非常生气的指责萧瑀，说自己既然让房玄龄担此重任就应该相信他。后来房玄龄和皇帝李世民辞别，说想告老还乡。房玄龄知道在朝中危机四伏，最后李世民把房玄龄又请了回来，可见二人彼此信任。就这样，李世民面对房玄龄的两次谋反的举报都压了下去，如果不是出于信任，根本不会这么做的。
