在占领清溪后，梁山大军全军出动，向方腊最后的据点——帮源洞团团围住。尽管手中尚有数万兵马和数十员将领，但方腊据守不出，战事也因此陷入僵持。就在此时，方腊帐下有一员将领主动请缨，请求与梁山大军进行决战，并信誓旦旦地表示必将大获全胜。
此后，柴进和方杰率领一万兵马和二十多员将领来到帮源洞口，对梁山展开较量。当发现出阵的敌将是小旋风柴进时，宋江立即明白了柴进的用意，命小李广花荣、大刀关胜、美髯公朱仝等将在阵前故意诈降。随后，梁山大军佯装不敌，全军后退十里下寨。女婿的巨大战功令方腊喜不自胜。他下令大摆宴席，为女婿庆功，又表示自己将在第二天亲自观战。
到了第二天，柴进再度出阵。方杰一马当先，首先在阵前搦战，宋江命大刀关胜和小李广花荣双战方杰。正在方杰忙于应对之时，梁山阵中又有扑天雕李应和美髯公朱仝上前助战。
原来，自从乌龙岭之战因追赶敌将夏侯成而迷路后，鲁智深遇到了一位老僧并来到了这座草庵，机缘巧合下发现了方腊，便将其生擒活捉。此后，鲁智深押着方腊回到梁山大军营寨。宋江大喜，命人将方腊押往京城。至此，征讨方腊的最后一战——帮源洞之战宣告结束。
也许有人会问，方腊不是武松活捉的吗?怎么成了鲁智深活捉方腊呢?上面写到的鲁智深生擒方腊，是《水浒传》中的故事情节。而大家耳熟能详的“武松单臂擒方腊”最早出现在清代道光至光绪年间的水浒戏曲作品，这一改编也对后世产生了巨大影响。时至今日，不少电影或电视剧中，武松都成了活捉方腊的英雄，原著鲁智深的功劳就这样被武松“抢走”。
