进蜀后，两人各司其职，当时，刘备并未称帝，两人在刘备身边均是“军师” 。只是，诸葛亮在益州属于新人，他影响到的一般是刘备的“荆州旧部”，而法正(字孝直)在益州一直比较有声望，他和张松关系好，张松将益州五十四郡地理图本献给刘备时，就和法正通过气，可以说，在益州内部，法正的影响力要强过诸葛亮。法正在刘备为关羽报仇，兴兵伐吴之前已经“病逝”。
而李严心里很清楚，自己被废之后，最了解自己的，最有气度原谅自己的还是诸葛亮，自己唯一有可能再被起用的机会，就是诸葛亮北伐成功，诸葛亮回成都，后主询问人才的时候，诸葛亮可能会捐弃前嫌，提拔他一下。可是，北伐失利，诸葛亮也死了，自己再也没有被起用的机会了，就郁闷而死，可能是病逝在梓潼郡。因为，根据记载，他没有离开过梓潼郡。
刘备在永安托孤的时候，有两个托孤大臣，一个是诸葛亮，一个是李严。刘备把政务交给诸葛亮，让他辅佐刘禅;却把军队交给李严，让他担任中都护，统管内外军事。
刘备的这个决定，在后世看来，是一个非常奇怪的决定。尤其从李严后期的表现来看，感觉刘备基本上是所托非人。刘备是那么聪明睿智的一个人，他为什么竟有这样的昏招呢?
我们先来看李严被托孤后的表现。
一是建兴四年(226年)，诸葛亮在汉中，准备北伐，想把李严调到汉中来，让他镇守汉中，自己放心前往北伐。但是李严百般推脱，还是只想呆在原地(江州)，并且还让诸葛亮把当地五个郡划出来组成巴州，让他担任巴州刺史。以至于这件事，连当时的尚书令陈震都说他“腹中有鳞甲”。
二是建兴八年(230年)，曹魏三路大军进攻汉川，诸葛亮再次调李严去汉中防守，他还是不愿意去，还假装说司马懿在诱降他，他走了的话，江州一带会丢掉。于是诸葛亮让他儿子负责江州防务，又升他为骠骑将军，这样李严才去了汉中。
三是建兴九年(231年)，诸葛亮出兵祁山，让李严负责粮草押运。因为道路泥泞李严押运困难，怕迟了受军法处置，便让诸葛亮退兵。但诸葛亮退兵后，他却又对刘禅说，粮草很多呀，诸葛亮为啥要退兵呢?诸葛亮把李严让他退兵的信给刘禅看，于是谎言不攻自破。诸葛亮趁机弹劾李严，刘禅把李严废为庶人，流放到梓潼郡。
当时蜀汉朝廷有两大势力，分别是以诸葛亮为核心的荆州势力，刘备当然希望他去世后，这两大势力能团结一心，辅佐幼主刘禅。所以李严也是托孤重臣。应该也是帝王心术了，做皇帝的人，是不可能绝对相信某一个人的。诸葛亮和李严可以互相牵制，这样刘禅的地位就相对稳定了。
刘备最起码看到三点才能做出如此有远见的政治预言：
1. 刘备知道诸葛亮的特点，他的能力他的性格，他的喜好;他喜欢马谡这类人。(刘备期待，诸葛亮是孙权的张昭，李严才是周瑜)2. 刘备知道马谡的特点，马谡是个理论派，不是实战派。是不堪大用的。3. 刘备知道诸葛亮和马谡关系比较好，且诸葛亮以后必将独挡大权，使用马谡这类的人。特意提醒。
李严不会像魏延那样有谋反之心，他在蜀汉可以说是“一人之下，万人之上”，但谋反投降他国，能得到个什么官职不说，不能取得别人的信任的同时，也会处在相当尴尬的境地。除非李严能够自立门户，但他又没有这个胆量与能力。
后来，诸葛亮六出祁山，北伐中原，终于体力不支，病逝于五丈原。李严心里很清楚，自己被废之后，最了解自己的，最有气度原谅自己的还是诸葛亮，自己唯一有可能再被起用的机会，就是诸葛亮北伐成功，班师回朝时不计前嫌地提拔他。蜀汉政权基本上由三股势力构成，即随同刘备入川的荆州集团，原为刘璋旧部的东州集团，及作为四川土著豪族的益州集团。
